Η Ειδομένη, αρχαία πόλη Πελαγονική, όπως δηλώνει και το όνομά της, οφείλει την ονομασία της πιθανόν στον ιδρυτή της ή στην Ειδομένη, κόρη του Φέρητος (ή Βέρητος) γιου του Μακεδόνα.

Η θέση της αρχαίας πόλης, χωρίς να υπάρχει απόλυτη ταύτιση όπως αυτή της Ευρωπού, ήταν δεξιά (δυτικά) του ποταμού Αξιού απέχουσα 53 μίλια από τη Θεσσαλονίκη, λίγο βορειότερα από τη σημερινή πόλη της Γευγελής.

(Στράβων, Γεωγραφικά, 8.8.5: Πολυβίου δ' εἰρηκότος τὸ ἀπὸ Μαλεῶν ἐπὶ τὰς ἄρκτους μέχρι τοῦ Ἴστρου διάστημα περὶ μυρίους σταδίους, εὐθύνει τοῦτο ὁ Ἀρτεμίδωρος οὐκ ἀτόπως, ἐπὶ μὲν Αἴγιον χιλίους καὶ τετρακοσίους εἶναι λέγων ἐκ Μαλεῶν ὁδόν, ἐνθένδε εἰς Κίρραν πλοῦν διακοσίων, ἐνθένδε διὰ Ἡρακλείας εἰς Θαυμακοὺς πεντακοσίων ὁδόν, εἶτα εἰς Λάρισαν καὶ τὸν Πηνειὸν τριακοσίων τετταράκοντα, εἶτα διὰ τῶν Τεμπῶν ἐπὶ τὰς Πηνειοῦ ἐκβολὰς διακοσίων τετταράκοντα, εἶτα εἰς τὴν Θεσσαλονίκειαν ἑξακοσίων ἑξήκοντα, ἐντεῦθεν ἐπ' Ἴστρον δι᾽ Εἰδομένης καὶ Στόβων καὶ Δαρδανίων τρισχιλίους καὶ διακοσίους.)

Κατελήφθη πρώτα από τους Παίονες, οι οποίοι ανάγκασαν τους Πελαγόνες να μεταναστεύσουν δυτικότερα, και συγκαταλέχθηκε στην Αμφαξίτιδα Παιονία.

Κατακτήθηκε από Κρήτες αποίκους που με αρχηγό τον Βόττωνα μετανάστευσαν στη Μακεδονία και αποτέλεσε μέρος της Βοττιαίας. Στη Βοττιαία, και ειδικότερα στους ανατολικούς πρόποδες του όρους Πάικου, υπήρχαν οι πόλεις με ελληνικό χαρακτήρα, από βορρά προς νότο, Ειδομένη, Γορτυνία, Αταλάντη, Ευρωπός.

Ενσωματώθηκε στο Μακεδονικό κράτος μετά την κατάκτηση της περιοχής, επί βασιλείας Αμύντα του Α', στα τέλη του 6ου αιώνα π.Χ.

Κυριεύθηκε με έφοδο («εἷλεν Εἰδομενὴν μὲν κατὰ κράτος») από τον Σιτάλκη, βασιλιά των Οδρυσών Θρακών, στην αρχή του χειμώνα του 429 π.Χ. κατά τη διάρκεια του Πελοποννησιακού Πολέμου, όταν ο Οδρύσσης βασιλιάς εκστράτευσε εναντίον του Μακεδόνα βασιλιά Περδίκκα του Β' με μεγάλο εκστρατευτικό σώμα, όπως αναφέρει ο Θουκυδίδης παραδίδοντάς μας την πρώτη γραπτή ιστορική αναφορά για την Ειδομένη. Η εκπόρθηση, δε, της πόλης προϋποθέτει ότι ήταν οχυρωμένη με τείχη.

Ο Αρχέλαος, που διαδέχθηκε στον θρόνο τον πατέρα του Περδίκκα (414-399 π.Χ.), ανασυγκρότησε το κράτος των Μακεδόνων και ανοικοδόμησε τις πόλεις (που είχαν καταστραφεί), πιθανόν μεταξύ αυτών και την Ειδομένη.

Η Ειδομένη, πόλις Μακεδονίας με εθνικό όνομα Ειδομένιος, ήταν κύριος σταθμός της μακεδονικής οδού προς την κοιλάδα του Δούναβη και τόπος συγκέντρωσης των δυνάμεων του Μεγαλέξανδρου κατά την εκστρατεία του εναντίον των Περσών.

Δεν ταυτίζεται με την πόλη Ιδομεναί, που βρισκόταν βορειότερα και ανατολικά του Αξιού ποταμού, η οποία απέκτησε σπουδαιότητα όταν αναπτύχθηκε το σύστημα των ρωμαϊκών δρόμων. Στην περίοδο της ρωμαϊκής κυριαρχίας η Ειδομένη ανήκει διοικητικά στην Γ' μερίδα της Μακεδονίας, όπως και η Ιδομεναί, με πρωτεύουσα την Πέλλα.

Κατά τους βυζαντινούς χρόνους, τον 6ο μ.Χ. αιώνα, αναφέρεται μεταξύ των άλλων και η πόλις Ιδομένη να ανήκει στην επαρχία της Α' Μακεδονίας, που περιελάμβανε 31 πόλεις με πρωτεύουσα τη Θεσσαλονίκη.

Μετά από 2-3 αιώνες, όταν έγινε η διοικητική οργάνωση σε θέματα, η Ιδομένη αναφέρεται να ανήκει στο θέμα της Μακεδονίας και στην πρώτη από τις τρεις επαρχίες του με την ίδια, όπως και στην προηγούμενη, διοικητική διαίρεση. Δεν είναι σίγουρο όμως αν η Ιδομένη των βυζαντινών χρόνων ήταν η Ειδομένη ή η Ιδομεναί.